Vídeo: Què és un fitxer d'índex BAM?
2024 Autora: Lynn Donovan | [email protected]. Última modificació: 2023-12-15 23:44
A Fitxer BAM (. bam ) és la versió binària d'un SAM dossier . UN SAM dossier (. sam) és un text delimitat per tabulacions dossier que conté dades d'alineació de seqüències. Indexació : IGV requereix que tant SAM com Fitxers BAM ordenar per posició i indexat , i que el fitxers d'índex seguir una convenció de denominació específica.
De la mateixa manera, la gent pregunta com puc obrir un fitxer BAM?
Des del Dossier menú triar Obert i seleccioneu Fitxers BAM des del costat esquerre. Seleccioneu el botó de la dreta que diu Afegeix a Fitxer BAM . Navegueu fins a BAM Prova Fitxers carpeta que heu baixat, seleccioneu with_index_with_graph. Feu clic Obert , seleccioneu mapt.
En segon lloc, com puc convertir un fitxer BAM a Fastq? A continuació es mostren els passos per convertir el fitxer BAM al format FASTQ. Això funcionarà a Linux i requerirà SAMTOOLS i BEDTOOLS
- Descarrega SAMTOOLS.
- Extraieu-lo mitjançant la comanda tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Crearà una carpeta amb el nom samtools-version.
- Mou al directori cd samtools-version.
De la mateixa manera, com puc convertir un fitxer BAM en un fitxer SAM?
A convertir SAM a BAM , fem servir l'ordre samtools view. Hem d'especificar que la nostra entrada està en Format SAM (per defecte s'espera BAM ) utilitzant l'opció -S. També hem de dir que volem que la sortida sigui BAM (per defecte produeix BAM ) amb l'opció -b.
Què fa la vista de Samtools?
Samtools és un conjunt d'utilitats que manipulen alineacions en format BAM. Importa i exporta al format SAM (Alineació de seqüències/Mapa), fa ordenar, combinar i indexar, i permet recuperar les lectures a qualsevol regió ràpidament. Samtools està dissenyat per treballar en un flux.
Recomanat:
Un fitxer TIFF és un fitxer vectorial?
TIF - (o TIFF) significa Tagged Image File Format i és un fitxer ràster gran. Un fitxer TIF s'utilitza principalment per a la impressió d'imatges, ja que el fitxer no perd informació ni qualitat com ho fa un JPEG. És un fitxer basat en vectors que pot contenir text, així com gràfics i il·lustracions
Com puc enviar un fitxer ZIP com a fitxer adjunt?
Des del vostre escriptori, feu clic amb el botó dret a un espai en blanc i trieu Nou > Carpeta comprimida (comprimida). Anomeneu el fitxer ZIP com vulgueu. Aquest nom es veurà quan envieu el fitxer ZIP com a fitxer adjunt. Arrossegueu i deixeu anar els fitxers i/o carpetes que voleu incloure al fitxer ZIP
Quin és l'objectiu dels delimitadors d'un fitxer de text amb dos delimitadors comuns de fitxer de text?
Un fitxer de text delimitat és un fitxer de text utilitzat per emmagatzemar dades, en el qual cada línia representa un sol llibre, empresa o una altra cosa, i cada línia té camps separats pel delimitador
Com puc convertir un fitxer delimitat per tabulacions en un fitxer csv?
Aneu al menú Fitxer, trieu "Obrir fitxer delimitat per pestanyes" (o simplement premeu Ctrl+O) i, a continuació, des del quadre de diàleg obert, trieu el fitxer delimitat per pestanyes per obrir. Podeu copiar la cadena delimitada per tabulacions al porta-retalls i després utilitzar l'opció "Obre el text al porta-retalls" (Ctrl+F7)
Què és el fitxer de transaccions i el fitxer mestre?
Definició de: fitxer de transaccions. fitxer de transaccions. Col·lecció de registres de transaccions. Els fitxers d'intransacció de dades s'utilitzen per actualitzar els fitxers mestres, que contenen les dades sobre els subjectes de l'organització (clients, empleats, venedors, etc.)